つまり「孔子学」の及ぶ範囲は、中国古代における政治、組織、制度、宗教、道徳、文化の全般に及んでおり、それは日本人の古来の思想に極めて大きな影響を与えてきた。それらをまず日本歴史の中から簡単に概括してみたい。

●奈良時代までの儒学の利用 −古代国家の組織・制度の原典
　聖徳太子から奈良時代にかけての日本は、現代以上に国際化した時代を迎えていた。そこでは朝鮮半島、中国をはじめ、インド、中東の人々が日本を訪れ、その人々により、多種類の思想が日本に齎された。
　それらは儒学、道教、仏教、キリスト教、ゾロアスター教など極めて多岐に亙っていた。その中で恐らく最も古く日本に渡来し影響を与えたのが儒学である。
　この儒学思想の日本への受容は、その後も時代ごとに大きな特徴をもって行なわれてきた。

　聖徳太子から奈良時代にかけての儒学は、国家の組織、制度をいかに作り上げるかという観点から受入れて利用された。
　それはたとえば聖徳太子の十七条憲法において、予想を超える儒学を中心にした文献が多数利用されていることを見ても分かる。
　それは大化の改新における｢周礼｣（しゅらい）の利用に見られるように、その後、国家制度に焦点がおかれるようになり、最終的には大化新政府による律令制度の創設となって結実した。

　持統、天武天皇の時代には、律令制などの現実政治における儒学の利用から、さらに道教による死後の神仙世界の祭祀や儀礼まで拡大された。そして現実世界を超えた死後の神秘世界にいたる国家祭祀の制度として導入されるようになった。
　しかし奈良時代に入ると、一方では古代の官僚機構が整備されて、孝経、論語などにより家父長制思想の強化に儒学思想が利用されるようになり、他方では法家の思想により、制度、祭祀、文章、暦学、歴史など、国家制度を維持するための学術研究が行なわれるようになった。

●平安朝の儒学 −貴族の教養
　平安時代に入ると律令制に基づく官僚機構が衰退し、世襲化した貴族が政治の実権をもつようになった。このような時代的背景を受けて、儒学は天下国家の統治学から、インテリ貴族の教養思想に転化した。
　そこでの儒学思想は、いかに漢文学に深い教養を持ち、いかに美しい漢文を使って詩や文章を書くかという技術と文化の学問に転化していった。
　この段階では、中国における儒学自体が理論的に仏教に押されており、儒学そのものが体系化された朱子学の成立へ向って展開される過渡期にあった。

●鎌倉時代の儒学 −神道、佛教そして武士たちの理論武装
　鎌倉時代の中期以降、日本には朱子学(＝宋学)が伝来し、日本の在来思想に大きな影響を与えた。その一つは、神道に関するものであり、伊勢神宮の外宮を中心にした度会神道が儒学思想の影響をうけて成立した。
　度会神道は、朱子学と結びついた「神道五部書」に基づく新しい神道大系である。
　日本神道は、この渡会神道の成立によって、陰陽五行などを基礎にして仏教にひけをとらない理論体系を確立することに成功した。

　朱子学の日本への伝来は、禅宗の僧侶により行なわれた。禅宗は鎌倉時代以降、武士階級と密接な関係を持って発展してきた宗派であり、そのため禅宗の僧侶たちによる朱子学の導入は、同時に日本の「武士道」を朱子学に結びつけることになった。そのため武士たちは、全国的に朱子学の教育に力を入れるようになる。その一例が有名な足利学校である。

　足利学校は、永亨11（1439）年、関東管領であった上杉憲実が鎌倉円覚寺の僧快元を初代校長として学則を定め、書籍を寄付して学生を集め、下野に再興したものである。
　文安3(1446)年に上杉憲実が定めた足利学校の規則によれば、学校では四書・六経・列子・荘子・老子・史記・文選が講ぜられ、仏書の講義は禁止され、純然たる漢学の学校として発足したことが分かる。

　上杉憲実の子の憲忠、憲房共に足利学校を保護し、応仁元(1467)年には上杉氏の臣の長尾景人により現在地に移建された。
　長尾景人の一族である長尾昌賢は上野国白井の城主であり、京都から儒者を招聘し城内に聖堂をたて、家臣のために儒学を講ぜしめたといわれる。

●江戸幕府の官学となった朱子学と批判派の思想
　徳川家康は、日本では異端の書といわれた孟子を好んで読んだといわれるほど儒学に精通していた。家康は、江戸幕府の成立とともに建仁寺の僧であった林羅山を招き、朱子学を官学の中心にした幕府の教育体制を作り出した。
　林羅山は、寛永7（1630）年に上野の忍岡に宅地を与えられて、私塾を設けた。この塾には、寛永9(1632)年に尾張藩主・徳川義直の寄進により先聖殿（聖堂・孔子廟）が造られ、さらに元禄4（1691）年には場所を湯島台に移して、江戸幕府による儒学の学問所である昌平黌が出来上がった。
　
　この昌平黌における林家の朱子学は、藤原惺窩をはじめ京学派や地方の有力な儒学者を入れて、近世初期における日本の儒学の主流派を形成した。
　しかし、最初はこの主流派に属していた学者たちも、その後、朱子学に批判的ないくつかの学派に分かれて、儒学の理論はさらに掘り下げられた。
　このことにより、江戸時代における日本の儒学はその全盛期を迎える。

　批判派の第一の流れは、朱子学のような宋代に作られた新しい儒学を否定し、孔子の原点にもどって儒学思想を考えようとする｢儒学原理主義｣というべき｢古学派｣の成立である。この流れには、山鹿素行、伊藤仁斎、荻生徂徠などがいる。

　第二の流れは、主流派の朱子学に対して反主流派ともいうべき陽明学の流れである。この開祖は中江藤樹といわれ、熊沢蕃山、大阪の懐徳堂を中心にした三宅石庵、五井蘭洲、中井竹山などが含まれる。さらに、幕末になると、佐藤一斎､大塩中斎、吉田松陰など多数の有名人が出てくる。

　第三の流れは、儒学から出発しながら独自の分野を生み出し、思想的には儒学から離脱していった流れである。それは荻生徂徠の古文辞学的研究に刺激されて、日本の古典を本格的に研究して、｢国学｣という新しい流れを作った本居宣長などの流がまずあげられる。

　第三の流れの今ひとつは、大阪の懐徳堂を中心とする学問、教育の流れである。
　それは三宅石庵、五井蘭洲、中井竹山などの陽明学の流れから始まった。
　塾の教科書には｢四書五経｣および道義の書以外を禁じながら、「外朱内王」、つまり外に向っては朱子学、内に向っては陽明学の「鵺学問」といわれるものから出発し、その後、陽明学からも抜け出した新しい学問領域を作り出した。

　このグループには、山片蟠桃､海保青陵、安藤昌益や三浦梅園など、その時代を超えた思想が登場するようになる。これらの新しい思想の流れが、明治になって、短い時間で西欧思想を受入れ、消化していく基礎条件を用意したと考えられる。