「太平記」によると、両使は8月24日に入京した。これを伝え聞いた天台座主尊雲親王（天皇の第3皇子、大塔宮とも呼ばれた）は、天皇に南都下向をすすめた。ところが幕府軍のほうがいち早く皇居を包囲したため、後醍醐天皇は8月24日夜、密かに奈良の東大寺に逃れ、さらに鷲峰山（山城国相楽郡）金胎寺から、笠置寺（同国同郡）に移り、そこを御座所とされた。

　幕府は、天皇の笠置下向の真相をつかむと、9月1日に南北両検断が宇治平等院に出陣し、到着した武士の名前を書き上げたところ、昼夜にわたったといわれる。そして翌2日に笠置出陣が命じられ、3日に合戦が始まった。
　同じ2日に関東では、承久の乱にならい、大軍を京都へ派遣することが発表され、5日から続々出発していった。その大将の一人に足利尊氏がいた。

　この後醍醐天皇の笠置落ちと同時に、楠木正成が河内の金剛山で挙兵した。楠木正成（？-1336）は、河内観心寺領の土豪の武将であるが、その系図ははっきりしない。
　正成は、天皇が笠置に行幸されたことをきき、金剛山の傍の赤坂に城を築き、笠置が危うくなったときには、ここに行幸を仰ごうと考えた。

　幕府軍は、足利尊氏も加わって大挙して笠置を攻撃したため落城し、天皇は9月28日夜、城を逃れられたが捕らえられ、六波羅へおくられた。続いて幕府軍は、楠木城を攻撃し10月21日に落城した。これにより後醍醐天皇の倒幕計画は失敗した。

●北朝擁立
　後醍醐天皇の笠置行幸と同時に、北条氏は光厳（天皇）を擁立した。そして笠置が落ちて天皇が捕らえられると、神器の引き渡しを後醍醐天皇にせまり、結局、神器は、北朝の光厳（天皇）に引き渡された。
　後醍醐天皇は、元弘2(1332)年3月、隠岐に流刑になった。この神器の引き渡しのときから、皇統は南北朝の2つに分裂する。
　　
　北条氏は、後醍醐天皇の隠岐流刑と同時に、花園上皇の旨を奉じ、日野資朝、日野俊基、北畠具行、烏丸成輔など倒幕計画にかかわった人々を死刑、流刑などの処分にした。その中を、大塔宮は吉野に逃れて、次の挙兵の計画にかかった。

　大塔宮の挙兵計画に対して、幕府は大軍を差し向け、元弘3（1333）年2月、金剛山と吉野に攻め込んだ。その月の内に金剛山の城の数箇所は陥落したが、正成の千早城だけは残って頑強に戦った。関東の軍はことごとく千早城に集まって正成軍と戦ったが、衆寡敵せず、閏2月1日に千早城は陥落した。

　一方、隠岐の島の後醍醐天皇は、元弘3（1333）年3月24日の暁に島を脱出し、出雲の名和氏の助けをかりて、伯耆船上山により挙兵することに成功した。

●足利尊氏
　足利尊氏（1305-1358）は、足利幕府の初代将軍である。はじめは高氏といった。源氏再興の志をいだき、元弘の乱で幕府軍として元弘3（1333）年4月16日、官軍とともに西上したとき、既に後醍醐天皇と連絡を取る事に成功していた。
　足利尊氏は、元弘3（1333）年4月26日、丹波桑田郡（現在の亀岡市）篠村八幡宮で反幕府の旗を翻し、5月7日に官軍とともに六波羅攻撃に踏み切り、六波羅探題を滅ぼした。

　伯耆船上山の地の後醍醐天皇に六波羅滅亡の知らせが入ったのは、5月12日のことであった。天皇は直ちに光厳天皇の廃位と関白、年号の廃止を行い、天皇の笠置潜行以前の状態に戻すことを実行した。

　また鎌倉では、5月11日から16,7日に到着した新田義貞による鎌倉攻撃が行なわれ、21日には鎌倉市内に突入した。そして5日間の戦いにより鎌倉は陥落した。